Die nächsten Baumaßnahmen lassen nichts Gutes ahnen: Der Westteil des Kellers, Schulküche und Brausebad, werden zu einer Rettungsstelle umgebaut. Die großen Kriegsereignisse stehen im Mittelpunkt des Unterrichts. Da die Luftschutzräume nur knapp 500 Personen fassen, muss Abteilungsunterricht eingeführt werden, damit stets nur die Hälfte der Schüler im Haus anwesend ist. Ordnungsgemäßer Unterricht wird immer schwerer: Lehrer fehlen, weil sie im Krieg eingesetzt sind; Sirenen unterbrechen so manche Schulstunde mit Fliegeralarm; Zug um Zug werden 1944 die Schulkinder aus der Innenstadt aufs flache Land umquartiert. Bei einem großen Luftangriff entgeht das Schulhaus durch den beherzten Einsatz des Hausmeisters nur knapp einer Brandkatastrophe.

In den letzten Kriegsmonaten ist das Schulhaus wieder Lazarett, dann Unterkunft für Flüchtlinge. In den ersten Nachkriegsjahren beherbergte es zahlreiche Institutionen: Rotes Kreuz, Polizei, Quartiersamt, Lehrmittelverwaltung, Stadtbildstelle und viele verschiedene Schulen, der geregelte Unterrichtsbetrieb kann erst 1948/49 wieder aufgenommen werden.